Il termine microbioma indica la totalità del patrimonio genetico posseduto dal microbiota, cioè i geni che quest’ultimo è in grado di esprimere.

Quando si parla di microbiota si fa riferimento alla totalità dei singoli microrganismi ⎼ batteri, funghi, protozoi ⎼ e dei virus che vivono e colonizzano uno specifico ambiente in un determinato tempo. Il microbiota umano è definito come «l’insieme dei microrganismi che in maniera fisiologica, o talvolta patologica, vivono in simbiosi con il corpo umano». 

Questa popolazione microbica è concentrata perlopiù nel tratto intestinale.